El gobierno de San Martín de Amacayacu debe presentarse como una estructura viva de autoridad indígena, no como un organigrama externo. La comunidad organiza su vida colectiva mediante autoridades tradicionales, Cabildo, Asamblea, Consejo de Justicia, Guardia Indígena Ambiental, Secretaría de Ecoturismo y demás instancias comunitarias que deben ser confirmadas por el propio Cabildo antes de publicación. La toma de decisiones debe mostrarse como un ejercicio de palabra, responsabilidad colectiva y cuidado del territorio.
El Curaca es una autoridad tradicional elegida por la comunidad. Orienta la vida colectiva, acompaña las decisiones comunitarias, representa la continuidad de la palabra propia y contribuye a mantener el equilibrio entre cultura, territorio y convivencia.
El Cabildo administra y representa los intereses de la comunidad, coordina asuntos territoriales, culturales, administrativos y de relación institucional. Su papel debe mostrarse como autoridad propia y no como oficina externa.
La Asamblea es el espacio donde la palabra colectiva orienta decisiones sobre territorio, convivencia, proyectos, turismo, educación, economía comunitaria y relación con instituciones.
Instancia comunitaria para orientar la convivencia, la resolución de conflictos y el respeto de normas propias, en coordinación con la autoridad tradicional y el Cabildo.
La Guardia Indígena Ambiental acompaña el control territorial, la educación ambiental, el monitoreo de ríos y bosques, la limpieza de cuerpos de agua y la protección de la biodiversidad y los sitios de valor cultural.
Instancia comunitaria encargada de ordenar la visita, recibir a turistas, coordinar intérpretes locales, proteger normas culturales y contribuir a un fondo comunitario transparente